Жануарлар әлемі
«Алтын — Емел» мемлекеттік ұлттық табиғи паркі флора мен фаунаға өте бай. Ұлттық паркте өсімдіктердің 1800-ге жуық түрі бар, олардың 29-ы Қазақстан Республикасы Қызыл кітабына енгізілген, 32-і индикаторлық түрлер. Сүтқоректілердің 79 түрі таралса, оның ішінде индикаторлық түрлері 17, 11 түрі Қазақстан Республикасы Қызыл кітабына енгізілген. Құстардың 260 түрі , оның 29-ы Қызыл кітапқа енгізілген, индикаторлық түрлері 15. Қосмекенділердің 4 түрі, оның 2 түрі Қазақстан Республикасы Қызыл кітабына енгізілген, барлық 4 түрі индикаторлық түрлер болып табылады. Бауырымен жорғалаушылардың 25 түрі, оның 1 түрі Қазақстан Республикасы Қызыл кітабына енгізілген, 10 түрі индикаторлық түрлер болып табылады. Балықтардың – 26 түрі, оның ішінде Қазақстан Республикасының Қызыл кітабына енгізілген түрлер саны-2, индикаторлық түрлер саны-6, буынаяқтылардың – 6000 түрі, оның ішінде жәндіктер-4000, арахнидтер -150, индикаторлық түрлер -5.
«Алтын — Емел» мемлекеттік ұлттық табиғи паркі жануарлар дүниесінің әртүрлігімен ерекшеленеді. Парк аумағы орталық Азия (соның ішінде Қазақстан) және Сібір географиялық аймағының орталығында орналасқан. Сондықтан да бұл жерде оңтүстік аймақтарда да және солтүстік аймақтардада кездесетін жануарлар мекендейді. Олардың кейбірі парк аумағында миграция кезінде тұрақтайды. Ұлттық парктің аумағында Қазақстанның көп бөлігін алып жатқан биотоптың барлығы бар деуге болады. Олар: үлкен көлемді алып жатқан топырақ-тастақты шөлдер, құмдар, тораңгы сексеуіл өсетін құмдар, жазықтар, таулы бұталы және шыршалы ормандар. Сондықтан да, парк фаунасы биологиялық сан алуандығымен және эндемиктерімен ерекшелінеді. Паркте барлығы 393 жануар түрі мекендейді.
Сүтқоректілердің 70 түрі бар, бұл — Қазақстан сүтқоректілерінің 43,5% құрайды.Қолқанаттылардың — 12 түрі, жыртқыштардың — 20, тұяқтылардың — 8, кеміргіштердің — 36, қоянтәрізділердің — 2 түрі, барлығы 13 жануар түрі сирек кездесетін және жоғалып бара жатқандықтан халықаралық Қызыл кітапқа тіркелген. Олар: тас сусары, Орта Азиялық күзен, сабаншы, түркімен құланы, қарақұйрық, Тянь-Шань архары, бұхар бұғысы, Тянь-Шань қоңыр аюы, барыс, Пржевалский жылқысы, Түркістан сілеусіні. Соның ішінде паркте Қазақстанда сирек кездесетін және жоғалу қауіпі төнген жануарлардың 30% мекендейді.
Ұлттық парктің сүтқоректілерінің 6 түрі аңшылық — кәсіптік маңызы бар-қасқыр, түлкі, борсық, қабан, Сібір тау ешкісі және сібір елігі.
Құстар фаунасы. Парк аумағында құстардың 260 түрі мекендейді, Бұл барлық Қазақстандағы құстардың жартысына жуығы (49,4%), соның ішінде 148 құс — тұрақты мекендейтіндер. Саны жағынан ең көп таралғандары — жыртқыш және су құстары, оның себебі,паркте жабайы жануарлардың көптігі және Іле өзені Қапшағай су қоймасы құстарға жем аулауға қолайлы болғандығы, құстың 18 түрі Қазақстанның және халықаралық Қызыл кітапқа енгізілген.Олар: ақбас үйрек, қара дегелек, жыланшы қыран, дала қыраны, бүркіт, аққұйрықты субүркіті, қарақұс, ителгі, дуадақ, қарабауыр бұлдырық.Бұлардың барлығы Қазақстанның Қызыл кітабындағы құстардың 32% құрайды.
Бауырымен жорғалаушылардың парк аумағында 24 түрі кездеседі. Оның ішінде жыланның — 8 түрі, кесірткенің — 15 түрі, тасбақаның – 1 түрі, жыланның 2 түрі кездеседі.Бозша жылан мен оқжылан — улы жыландар. Кесірткенің бір түрі — шұбар батпат Қазақстанның қызыл кітабына тіркелген.
Қосмекенділердің парк аумағында 4 түрі мекендейді.Олардың 2 түрі жасыл данат құрбақасы және Орта Азиялық өзен құрбақасы Қазақстанның қызыл кітабына тіркелген.
Ихтиофауна. Қапшағай су қоймасы және Іле өзенінде балықтың 26 түрі кездеседі. Көп таралғандары: тарын, жайын, сазан, балқаш алабұғысы, Іле қарабалығы.
Ұлттық парктің энтомофаунасында 6000-ға жуық жәндіктер мен басқа омыртқасыздар бар. Оның ішінде арахнидтер 150 түрі, жәндіктер 4000. Республикалық Қызыл кітапқа енгізілген түрі зоркаэнфема. Ал 5 түрі индикатор болып табылады.