Өсімдіктер әлемі
Алтын — Емел» мемлекеттік ұлттық табиғи паркі флора мен фаунаға өте бай. Ұлттық паркте өсімдіктердің 1800-ге жуық түрі бар, олардың 29-ы Қазақстан Республикасы Қызыл кітабына енгізілген, 32-і индикаторлық түрлер. Сүтқоректілердің 70 түрі таралса, оның ішінде индикаторлық түрлері 17, 11 түрі Қазақстан Республикасы Қызыл кітабына енгізілген. Құстардың 260 түрі , оның 29-ы Қызыл кітапқа енгізілген, индикаторлық түрлері 15. Қосмекенділердің 4 түрі, оның 2 түрі Қазақстан Республикасы Қызыл кітабына енгізілген, барлық 4 түрі индикаторлық түрлер болып табылады. Бауырымен жорғалаушылардың 25 түрі, оның 1 түрі Қазақстан Республикасы Қызыл кітабына енгізілген, 10 түрі индикаторлық түрлер болып табылады. Балықтардың – 26 түрі, оның ішінде Қазақстан Республикасының Қызыл кітабына енгізілген түрлер саны-2, индикаторлық түрлер саны-6, буынаяқтылардың – 6000 түрі, оның ішінде жәндіктер-4000, арахнидтер -150, индикаторлық түрлер -5.
«Алтын — Емел» мемлекеттік ұлттық табиғи паркінің флорасы мен өсімдіктерінің өзіндік ерекшелігі мен алуан түрлілігі парктің Жетісу Алатауы мен Балқаш — Алакөлдің екі флористикалық ауданының түйіскен жерінде орналасуымен ерекшеленеді. Сонымен қатар, парктің ең төменгі орналасқан жері 500 метрден төмен, ал ең биік жері теңіз деңгейінен шамамен 2000 метр жоғары, сондықтан парк аумағында өсімдіктердің биік альпілік аумақтарда өсетін түрлерінен шөлді аумақтарда өсетін түрлеріне дейін кездестіруге болады.
«Алтын — Емел» ұлттық паркінің флорасында 380 түрлі 84 тұқымдас, тамырлы өсімдіктердің 825 түрі сенімді тіркелген және бұл деректер толықтырылу үстінде. 60-тан астам сирек және эндемикалық өсімдіктер бар, олардың 29-ы Қазақстанның Қызыл кітабына енгізілген. Өсімдіктердің 6 түрі тек ұлттық саябақта және әлемнің басқа жерінде кездеседі.
Іле өзеннің жағасында жиделі тоғайлар, тораңғы (сұрғылт терек), талдың бірнеше түрінен қалыптасқан жайылмалы ормандар өседі. Бұл ағаштар ерекше маңызға ие, өйткені олар өзен жағалауларын эрозиядан қорғайды, тоғай жануарларына баспана және жайылым ретінде қызмет етеді, ал тораңғы эндемик болып табылады және Қазақстанның Қызыл кітабына енгізілген. Бұталардың арасында Қазақстанның Қызыл кітабына енгізілген тағы екі эндемик өседі-Іле ұшқаты (Lonicera iliensis) және Іле бөріқарақаты (Berberis iliensis), соңғысының жемістерін тамақ ретінде пайдалануға болады.
Жайылмалы ормандардың үстінде шөл және шөлейт өсімдіктермен жабылған тасты-қиыршық тасты және сазды шөлдердің үлкен далалы аймағы орналасқан. Бұл халықаралық және республикалық Қызыл кітаптарға енгізілген сирек кездесетін және жойылып бара жатқан шөлді тұяқтылар — қарақұйрықтар мен құландардың табындары жайылатын негізгі жайылымдар-.
Өсімдіктердің ішіндегі негізгі қорғауға алынған түрлерінің бірі — қара және ақ сексеуіл (биіктігі 3 метрге дейін жететін шөлді аймақтарда өсетін бұта, отын ретінде өте құнды, сондықтан қорғалған), сондай-ақ Іле алқабының эндемигі-Іле феруласы Ferula iliensis Krasn. ex Korov., бұл құнды дәрілік өсімдік және Қызыл кітапқа енгізілген.
Көктемде шөлді аласа таулардың баурайында Қызғалдақтар гүлдейді, олардың ішіндегі ең сәндісі Қазақстанның Қызыл кітабына енген екі түрі-қысқа қырлы қызғалдақ (Tulipa brachystemon) және Альберта қызғалдағы (T. alberti).
Ұлттық парк аумағында шие, алма және өрік сорттарының жабайы ата-бабалары — Тянь-Шань шиесі (cerasus tianschanica), Сиверс алма ағашы (Malus sieversii) және кәдімгі өрік (Armeniaca vulgaris Lam) шатқалдар мен тау баурайында жиі кездеседі. Кавказ таудағаны (Celtis Caucasica Willd) немесе темір ағашы таулардың баурайында тұтас ағаш тоғайларын құрайды және ағаштың ауырлығы мен қаттылығы үшін бағаланады (суға батады), осыған байланысты Кавказ таудағаны сирек кездесетін және жойылып бара жатқан түрлерге жатады. Шатқалдарда тау қылшасы бұталары жиі кездеседі (Ephedra equisetina) – құнды дәрілік өсімдік.
Ұлттық парк тауларының солтүстік бөлігінде Ұзынбұлақ шатқалында теңіз деңгейінен 1000 метр биіктікте Шренк шыршасы мен Тянь — Шань қайыңының ормандары өседі, тау күлі мен итмұрын-құнды жеміс өсімдіктері кездеседі. 1000 – 1500 метр биіктіктен жоғары көптеген құнды дәрілік және тағамдық өсімдіктер кездесетін Альпі және субальпі шалғындары жалғасады басталады. Олардың ішінде Алтын тамыр немесе қызғылт радиоланы (Rhodiola rosea) (фармакологиялық қасиеттері бойынша Тіршілік тамыры) және балғын арша (Juniperus pseudosabina) атап өткен жөн.
Қалқан, Катутау және Ақтау тауларының ежелгі шөгінді жыныстарында осы аймақтың бор және үшінші кезеңінің қазба флорасы туралы тасқа айналған діңдер мен жапырақ іздері түріндегі ең құнды ақпараттар бар.